Оно образовано в пределах Заирендыкского понижения в третичных песчано-глинистых отложениях, подстилаемых известняками нижнего карбона. Котловина озера имеет удлиненную форму, площадь около 800 га. Озеро питается атмосферными осадками, поэтому объем воды, площадь водного зеркала, глубина его подвержены большим колебаниям. Так, глубина озера колеблется от 2 до 5 м. Вода в озере имеет горько - соленый вкус и относится к жестким хлормагниевым видам. Поэтому нередко его называют «Тозлокуль» (Соленое озеро). Характерной особенностью озера является наличие лечебных грязей, сплошные отложения которых начинаются в 100 - 120 м от берега со средней мощностью 25 см и состоящих из пелогена (жидкого ила), серовато - черного и серого ила, подстилаемого синей глиной. По данным Г. В. Вахрушева общий объем грязей составляет около 1 млн. т. Грязь хлоридно-сульфатно-натриевая. Целебные грязи по своим свойствам близки с грязями Тамбуканского озера близ Пятигорска.
Отличительной особенностью озера является отсутствие рыбы. Мулдаккуль, также, не посе-щают домашние утки и гуси. Высокая концентрация солей, запах сероводорода, который выделяется со дна, отпугивают водоплавающих птиц.
Озеро почти безжизненное, в нем обитают только водные улитки, да иногда можно встретить водяных жуков. Около озера Мулдаккуль нет лесов. Здесь распространены типчаково-ковыльные степи.
Прибрежная полоса покрыта песками площадью около 200 га. На западном побережье имеются заболоченные участки с камышевыми зарослями.
Летом около озера много отдыхающих и больных, принимающих водные и грязевые ванны. Грязи озера Мулдаккуль послужили основанием для создания курорта «Яктыкуль», расположенного в 20 км к северо-западу от озера.
Дорога до озера Мулдаккуль: Уфа - Белорецк - Магнитогорск - Михайловка.
